Seeds of Arkham è una storia ambientata nella città di Gotham, dove il crimine e la corruzione regnano sovrani. Il protagonista, un giovane detective di nome Bruce Wayne, si trova ad affrontare una minaccia inaspettata quando una serie di omicidi iniziano a sconvolgere la città.
Con l'aiuto del suo fedele alleato, il commissario Gordon, Bruce si immerge in un'indagine che lo porta ad Arkham Asylum, un ospedale psichiatrico noto per ospitare i criminali più pericolosi di Gotham.
Mentre cerca di scoprire la verità dietro gli omicidi, Bruce si rende conto che c'è qualcosa di più oscuro dietro tutto questo. Si trova faccia a faccia con il suo più grande nemico, il Joker, che ha seminato il caos in città con il suo piano di distruzione.
Con l'aiuto di Gordon e di alcuni alleati inaspettati, Bruce si impegna a fermare il Joker e a salvare Gotham dalla distruzione imminente. Ma il prezzo da pagare potrebbe essere più alto di quanto avesse mai immaginato.