Seeds of Arkham é uma história de suspense e mistério que se passa na cidade de Gotham. Neste conto sombrio, um grupo de criminosos conhecidos como "Os Semeadores" começa a espalhar o caos pela cidade, plantando sementes de destruição por onde passam.
À medida que a cidade se vê envolvida em uma onda de crimes e violência, o Batman entra em ação para deter esses vilões e descobrir a origem das sementes misteriosas. Com a ajuda de seu fiel aliado, o Comissário Gordon, o Cavaleiro das Trevas segue as pistas deixadas pelos Semeadores, enfrentando perigos e desafios ao longo do caminho.
Conforme a trama se desenrola, o Batman descobre que por trás dos Semeadores está um antigo inimigo, o Espantalho, que planeja usar as sementes para semear o medo e o caos em Gotham. Determinado a impedir os planos do vilão, o Cavaleiro das Trevas se prepara para o confronto final, onde terá que enfrentar seus próprios medos e limites para salvar a cidade.