Nell'anno 2199, la Terra viene invasa da una razza extraterrestre conosciuta come Gamilas, che proviene da un pianeta morente e decide di fare della Terra la loro nuova casa. I Gamila procedono a far piovere bombe radioattive sulla Terra, rendendo la superficie del pianeta arida e inabitabile (ma ospitale per la loro razza). La flotta spaziale terrestre è irrimediabilmente surclassata dai Gamilas e tutto sembra perduto ... finché una misteriosa sonda spaziale non viene recuperata su Marte. La sonda contiene progetti e un messaggio della regina Starsha del pianeta Iscandar, che afferma di avere un dispositivo in grado di ripulire la Terra dai suoi danni da radiazioni. I progetti sono di un supercraft che può consentire a qualsiasi nave di dirigersi verso Iscandar (situata in un'altra galassia) e tornare indietro in un anno, e con questi piani gli abitanti della Terra ricostruiscono segretamente una corazzata giapponese, la Yamato, in una grande corazzata spaziale. Un grande e intrepido equipaggio di 999 parte per Iscandar nella Yamato per richiedere il dispositivo ... ma con la minaccia dei Gamila, possono riuscire a ...