No ano de 2199, a Terra é invadida por uma raça extraterrestre conhecida como Gamilas, que veio de um planeta agonizante e decidiu fazer da Terra seu novo lar. Os Gamilas fazem chover bombas radioativas na Terra, tornando a superfície do planeta árida e inabitável (mas hospitaleira para sua raça). A frota espacial da Terra é irremediavelmente superada pelos Gamilas e tudo parece perdido ... até que uma misteriosa sonda espacial é recuperada em Marte. A sonda contém plantas e uma mensagem da Rainha Starsha do planeta Iscandar, que afirma ter um dispositivo que pode limpar a Terra de seus danos de radiação. As plantas são de uma super-nave que pode permitir que qualquer nave vá para Iscandar (situada em outra galáxia) e volte em um ano, e com esses planos os habitantes da Terra reconstruiram secretamente um navio de guerra japonês, o Yamato, em um grande navio de guerra espacial. Uma grande tripulação intrépida de 999 parte para Iscandar no Yamato para solicitar o dispositivo ... mas com a ameaça dos Gamilas, eles podem ter sucesso em ...