Sono passati otto anni da quando Fox McCloud ha sconfitto il malvagio Andross. Da allora, il team di Star Fox ha subito una lenta recessione. Falco, un fedele amico di Fox, ha deciso di lasciare la squadra in cerca di nuove sfide. Peppy, nella sua vecchiaia, lasciò i suoi doveri di pilota per concentrarsi sulla navigazione, e Slippy fece altrettanto, concentrandosi sui suoi sviluppi tecnologici. Anche se Fox ei suoi compagni sono riconosciuti come eroi, hanno ricevuto poco in termini di lavoro dalla morte di Andross, e la loro nave, la Grande Volpe, ha visto giorni molto migliori. Tuttavia, un giorno, mentre si avvicinano al Pianeta Dinosauro ai margini del Sistema Lylat, ricevono un messaggio dal Generale Pepper che chiede a Fox di indagare su cosa ha causato l'improvvisa rottura del mondo e di trovare un modo per risolverlo. Allo stesso tempo, gli abitanti di Dinosaur Planet sono sotto il dominio dittatoriale del Generale Scales, con cui Fox deve confrontarsi per completare la sua missione. E poi c'è la misteriosa Krystal, che è rimasta intrappolata in un ...