Já se passaram oito anos desde que Fox McCloud derrotou o mal Andross. Desde então, a equipe Star Fox tem passado por uma desaceleração lenta. Falco, amigo fiel da Fox, resolveu deixar o time em busca de novos desafios. Peppy, em sua velhice, abandonou suas funções de piloto para se concentrar na navegação, e Slippy fez o mesmo, focando em seus desenvolvimentos tecnológicos. Embora Fox e seus camaradas sejam reconhecidos como heróis, eles receberam pouco em termos de trabalho desde a morte de Andross, e seu navio, o Great Fox, viu dias muito melhores. No entanto, um dia, ao se aproximarem do planeta Dinosaur na borda do sistema Lylat, eles recebem uma mensagem da General Pepper pedindo a Fox para investigar o que fez o mundo repentinamente começar a se separar e encontrar uma maneira de consertar. Ao mesmo tempo, os habitantes do Planeta Dinosaur estão sob o domínio ditatorial do General Scales, com quem Fox deve lutar para completar sua missão. E então há o misterioso Krystal, que ficou preso em um ...