La Guerra del Dominio è finita e la galassia è di nuovo in pace, per la maggior parte. U.S.S. Dauntless, un'astronave di classe Federation Galaxy, sta aiutando una colonia di coloni, quando il sole del pianeta si destabilizza improvvisamente e diventa una supernova. Il capitano degli Dauntless, Robert Wright, viene ucciso, ma la nave riesce a sfuggire alla massiccia esplosione. Il giocatore è il Primo Ufficiale della nave, che ora diventa il nuovo Capitano e deve indagare su cosa abbia causato esattamente l'esplosione del sole. Diventa presto chiaro che questo non era un evento naturale e che un dispositivo alieno aveva qualcosa a che fare con esso. Quando una fazione guerrafondaia cardassiana attacca le navi della Federazione, il giocatore deve aiutarle a fermarle. Sono dietro la morte del tuo Capitano? O ci sono i misteriosi alleati Cardassiani, noti come Kessok, dietro a tutto? Il giocatore alla fine arriva a comandare la U.S.S. Anche la Sovereign, una delle poche enormi navi da guerra create per combattere i Borg, sebbene i Borg non compaiano in questo gioco. Il gioco è in prima persona ...