Una serie di missioni dell'Enterprise, al comando di James T. Kirk: una rivincita con Ies Breddell, che ha una nuova potente arma in grado di distruggere la Federazione; prove di tecnologia avanzata su un pianeta dell'età della pietra; una riunione con il potente Trelane, questa volta ossessionato dalla prima guerra mondiale; una chiamata di soccorso da un mondo arido; Il rapimento di Spock da parte di forze misteriose mentre l'Enterprise esplora una pericolosa spaccatura nello spazio; e terroristi che prendono il controllo di un museo con Kirk, Scotty e Checkov intrappolati all'interno. In tutto questo, una razza aliena solitaria ma avanzata sta guardando e testando l'Enterprise, chiedendosi se dovrebbero rompere il loro lungo silenzio e prendere contatto con la Federazione.