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Nel 1932, l'esercito giapponese indaga su un misterioso schianto di meteoriti in Manciuria e scopre un materiale strano che produce un tipo di energia precedentemente sconosciuto. Il minerale viene successivamente utilizzato durante la Seconda Guerra Mondiale per alimentare una gigantesca nave da battaglia sommergibile chiamata Ra, costruita per ravvivare lo sforzo bellico.
Poco prima del lancio, una giovane donna di nome Annette si avvicina agli ufficiali del Ra e li implora di non utilizzare il sottomarino da battaglia. Afferma che il materiale è stato inviato dagli umani sotterranei per testare il diritto dei terrestri di vivere e che utilizzandolo come arma di guerra stanno sigillando il destino della razza umana.
Il Ra viene lanciato nei giorni crepuscolari della guerra e poco dopo il bombardamento di Hiroshima, il Ra incontra il sottomarino da battaglia americano Liberty, il cui equipaggio è stato ingannato a combattere il Ra dall'ex compagno e amico di Annette, Avatar, il cui giudizio sulla razza umana è molto più negativo rispetto al suo. Annette ferma Avatar con una scarica di energia mentale, ma il Ra e il Liberty si distruggono reciprocamente. Annette e il primo ufficiale del Ra sono gli unici sopravvissuti.
Cinquanta anni dopo, una Annette inalterata e il nipote del capitano del Ra, Go Arisake, fanno parte di un team dell'ONU inviato a investigare sulle microonde generate al Polo Sud. Si rivela essere un preludio a un massiccio attacco dal sottosuolo della Terra, guidato da Avatar, che culminerà nella completa distruzione degli umani in superficie. Tuttavia, Go scopre che la vecchia nave di suo nonno è stata ritrovata e ricostruita come ultima linea di difesa dell'umanità, comandata dal padre che si credeva morto, mentre la battaglia finale per difendere la Terra ha inizio.