Em 1932, o Exército Japonês investiga a queda misteriosa de um meteorito na Manchúria e descobre um material estranho que produz um tipo de energia previamente desconhecido. O mineral é posteriormente utilizado durante a Segunda Guerra Mundial para alimentar um enorme navio de guerra submersível, o Ra, que é construído para revitalizar o esforço de guerra.
Pouco antes do lançamento, uma jovem chamada Annette se aproxima dos oficiais do Ra e implora para que não usem o navio de guerra. Ela diz que o material foi enviado por humanos subterrâneos para testar o direito dos habitantes da superfície de viverem, e ao usá-lo como arma de guerra estão selando o destino da raça humana.
O Ra é lançado nos últimos dias da guerra e, pouco depois do bombardeio de Hiroshima, o Ra encontra o navio de guerra americano Liberty, cuja tripulação foi enganada para lutar contra o Ra pelo antigo parceiro e amigo de Annette, Avatar, cuja avaliação da raça humana é muito mais negativa do que a de sua colega. Annette para Avatar com uma explosão de energia mental, mas o Ra e o Liberty se destroem mutuamente. Annette e o primeiro oficial do Ra são os únicos sobreviventes.
Cinquenta anos depois, uma Annette sem envelhecimento e o neto do capitão do Ra, Go Arisake, fazem parte de uma equipe da ONU enviada para investigar micro-ondas geradas no Polo Sul. Isso se prova ser um prelúdio para um ataque massivo vindo de baixo da Terra, liderado por Avatar, que culminará na destruição completa dos humanos da superfície. No entanto, Go descobre que o antigo navio de seu avô foi encontrado e reconstruído como a última linha de defesa da humanidade, comandado por seu pai, que se acreditava estar morto, enquanto a batalha final para defender a Terra começa.