En 1932, el Ejército Japonés investiga el misterioso choque de un meteorito en Manchuria, y descubre un extraño material que produce un tipo de energía previamente desconocida. El mineral es utilizado más tarde durante la Segunda Guerra Mundial para alimentar un gigantesco acorazado submarino llamado Ra, que es construido para revitalizar el esfuerzo de guerra.
Poco antes del lanzamiento, una joven llamada Annette se acerca a los oficiales del Ra e implora que no utilicen el acorazado. Ella afirma que el material fue enviado por humanos subterráneos para poner a prueba el derecho de los habitantes de la superficie a vivir, y al usarlo como arma de guerra están sellando el destino de la raza humana.
El Ra es lanzado en los últimos días de la guerra, y poco después del bombardeo de Hiroshima, el Ra se encuentra con el acorazado estadounidense Liberty, cuya tripulación ha sido engañada para luchar contra el Ra por el antiguo compañero y amigo de Annette, Avatar, cuya opinión sobre la raza humana es mucho más negativa que la de ella.
Annette detiene a Avatar con una ráfaga de energía mental, pero el Ra y el Liberty se destruyen mutuamente. Annette y el primer oficial del Ra son los únicos sobrevivientes.
Cincuenta años después, una Annette sin envejecer y el nieto del capitán del Ra, Go Arisake, forman parte de un equipo de la ONU enviado a investigar microondas generadas en el Polo Sur. Resulta ser un preludio a un ataque masivo desde el interior de la Tierra, liderado por Avatar, que culminará en la completa destrucción de los humanos de la superficie.
Sin embargo, Go descubre que el antiguo barco de su abuelo ha sido encontrado y reconstruido como la última línea de defensa de la humanidad, comandado por su padre, quien se creía muerto, mientras la batalla final para defender la Tierra comienza.