Geneshaft é uma série de anime de ficção científica que se passa em um futuro distante, onde a humanidade colonizou outros planetas. Neste mundo, a sociedade é controlada por um sistema chamado "Geneshaft", que determina o valor de cada indivíduo com base em seus genes.
A história segue a protagonista, Mika Seido, uma jovem piloto que se destaca por sua habilidade excepcional. Ela é recrutada para fazer parte da equipe encarregada de proteger a Terra de uma ameaça alienígena conhecida como "Orphan".
Conforme a trama se desenrola, Mika descobre segredos sombrios sobre o sistema Geneshaft e sua própria origem genética. Ela se vê em meio a um conflito entre a lealdade ao sistema e a busca pela verdade sobre si mesma e o mundo ao seu redor.