Geneshaft est une série animée de science-fiction qui se déroule dans un futur lointain où l'humanité a évolué pour ne plus avoir besoin de reproduction sexuée. Au lieu de cela, les gens sont créés à partir de manipulations génétiques et sont contrôlés par un système appelé "Geneshaft".
L'histoire suit une jeune femme nommée Mika Seido, qui est membre de l'équipe chargée de protéger la Terre des menaces extérieures. Lorsqu'un mystérieux vaisseau spatial apparaît et commence à attaquer la planète, Mika et son équipe doivent enquêter sur l'origine de cette menace et trouver un moyen de l'arrêter.
Alors que l'équipe se lance dans cette mission périlleuse, des secrets sur le fonctionnement de "Geneshaft" commencent à être révélés, remettant en question tout ce que Mika croyait savoir sur son monde et sur elle-même.