Sean Barker tornou-se o hospedeiro involuntário de uma bio-armadura alienígena conhecida como Guyver. Um ano atrás, ele destruiu a Kronos Corporation, uma organização de mutantes que querem o Guyver. Agora ele está tentando descobrir por que a unidade Guyver o força a lutar e matar o mal. Ele é levado a um sítio arqueológico onde os cientistas descobrem uma nave espacial antiga. Agora ele deve lutar contra Cronos novamente antes que eles descubram os segredos da origem do Guyver.