Sean Barker wurde der widerwillige Gastgeber einer außerirdischen Bio-Rüstung, die als Guyver bekannt ist. Vor einem Jahr hat er die Kronos Corporation zerstört, eine Organisation von Mutanten, die den Guyver haben wollen. Jetzt versucht er herauszufinden, warum die Guyver-Einheit ihn dazu zwingt, das Böse zu bekämpfen und zu töten. Er wird zu einer archäologischen Stätte geführt, an der Wissenschaftler ein antikes Raumschiff entdecken. Jetzt muss er erneut gegen Kronos kämpfen, bevor sie die Geheimnisse der Herkunft des Guyver entdecken.