Alexandria, 391 AD: Hypatia lehrt Astronomie, Mathematik und Philosophie. Ihr Schüler Orestes ist in sie verliebt, ebenso wie Davus, ihr persönlicher Sklave.
Als die Christen der Stadt, angeführt von Ammonius und Cyril, politische Macht gewinnen, könnten die Bildungseinrichtungen zusammen mit der Sklaverei zusammenbrechen.
20 Jahre später: Orestes, der Präfekt der Stadt, hat einen unruhigen Frieden mit den Christen, angeführt von Cyril. Eine Gruppe der neu ermächtigten Christen hat nun begonnen, ihre kulturelle Hegemonie eifrig durchzusetzen; zuerst sehen sie die Juden als Hindernis, dann die Ungläubigen.
Hypatia hat kein Interesse an Glauben; sie sorgt sich um die Bewegung der Himmelskörper und "die Brüderlichkeit aller". Ihr ehemaliger Sklave sieht das jedoch anders.