Amen erzählt die Geschichte von Menschen rund um eine alte Nasrani-Kirche. Die Handlung spielt in einem Dorf, Kumarankary, dessen Bewohner immer weiß gekleidet sind – ein Motiv, das der Film geschickt einsetzt, um die Elemente von Fantasy und Spiritualität zu verschmelzen. Ein junger, gutaussehender Kleriker (Indrajith Sukumaran) kommt als Kathanar (syrischer Priester) der Kirche an, dessen Senior Kathanar Fr. Abraham (Joy Mathew), ein mürrischer Kerl. Das Dorf hat eine Mischung aus Problemen, die von der Liebe zwischen Solomon (Fahadh Faasil) und Sosanna (Swati Reddy) bis zum Schicksal einer Band reichen, die von häufigen Misserfolgen bei Wettbewerben zermalmt wird. Der Film setzt sich viele Ziele, wie das Schicksal von Solomons Liebe, seine schillernde Selbstfindung einer ihm vorher unbekannten Eigenschaft und einige nüchterne spirituelle und religiöse Konflikte. Amen verspricht eine üppige Handlung voller Musik, Glaube, Fantasie und Romantik sowie eine erstaunlich abwechslungsreiche Auswahl an Charakteren. Während die Gemeinde ernsthaft darüber diskutiert, ob sie die Kapelle der Kirche behalten soll, die im früheren Bandwettbewerb gegen die rivalisierende Gruppe verloren hatte, schlägt ein junger Priester, P. Vincent Vattoli (Indrajit) übernimmt die Führung unter Pater Ottaplackan. Er ist stilvoll, wagt es, sich über Konventionen hinwegzusetzen und unterstützt die Romanze zwischen Solomon und Sosanna. Seine Handlungen ärgern den Oberpriester und nach einer Weile nehmen die Dinge eine ernste Wendung. Das Volk stimmt einem Pakt zu, der das Schicksal von Solomons Liebe zu Sosanna und die Zukunft der Kirchenkapelle von Kumarankary festlegt. Die Band gewinnt den Wettbewerb und der Film endet mit einem wirklich überraschenden Höhepunkt.