Ein Angriff auf eine geheime außerirdische Basis durch eine rebellische Organisation hat die verbliebenen Überlebenden auf einem antiken Schiff "Destiny" gestrandet, einem großen unbemannten Schiff, das vor Millionen von Jahren gestartet wurde.
Am anderen Ende des Universums führen Colonel Everett Young und Dr. Nicolas Rush nun die neue "Destiny"-Crew auf eine Reise, um neue Welten zu entdecken und neue außerirdische Kreaturen zu treffen, in der Hoffnung, einen Weg nach Hause zu finden.
Moralen werden auf die Probe gestellt und die Spannungen steigen, als Colonel Youngs Führung in Frage gestellt wird, während Dr. Rush die Sicherheit der Crew opfert, um seine eigenen wissenschaftlichen Ambitionen zu verfolgen.
Auf dem Weg machen sie neue Feinde und stoßen auf alte bekannte, während sie das Geheimnis hinter dem wahren Zweck von Destiny aufdecken.