Une attaque sur une base secrète hors-monde par une organisation rebelle a laissé les survivants restants sur un vaisseau Ancien "Destiny", un grand vaisseau non habité lancé il y a des millions d'années.
À l'extrémité lointaine de l'univers, le Colonel Everett Young et le Dr. Nicolas Rush dirigent désormais l'équipage du nouveau "Destiny" dans un voyage à la découverte de nouveaux mondes et à la rencontre de nouvelles créatures extraterrestres, dans l'espoir de trouver un moyen de rentrer chez eux.
Les valeurs morales sont mises à l'épreuve et les tensions montent lorsque le leadership du Colonel Young est remis en question, tandis que le Dr. Rush sacrifie la sécurité de l'équipage pour poursuivre ses propres ambitions scientifiques.
En chemin, ils se font de nouveaux ennemis et affrontent d'anciens familiers, tout en découvrant le mystère derrière le véritable but de Destiny.