Plankton stiehlt König Neptuns Krone und legt sie weit weg in Shell City. Als Mr. Krabs für die Tat eingerahmt wird, haben SpongeBob und Patrick 6 Tage Zeit, um Neptuns Krone zu erhalten. Auf der Reise spielst du entweder als SpongeBob oder Patrick, durchquerst Levels wie den Thug Tug und bekämpfst Feinde und Bosse wie den Auftragskiller Dennis. Es liegt an Ihnen, Neptuns Krone zurückzubekommen und dann sicher nach Bikini Bottom zurückzukehren.