Cinco años después de los eventos de Contra III: The Alien Wars, una unidad de comando de élite conocida como "Fuerza de Tarea Móvil Especial Militar Unificada KX", o "Contra Hard Corps", es enviada para enfrentar el crimen y las actividades ilegales en la ciudad después de la guerra. Un hacker desconocido se infiltra en el sistema de seguridad de la ciudad y todos los robots no tripulados causan estragos. A medida que la misión del Hard Corps se profundiza, se revela que el culpable es el coronel Bahamut, un héroe de Alien Wars que ahora es un terrorista que planea derrocar al gobierno con el uso de Alien Cell.