Cinque anni dopo gli eventi di Contra III: The Alien Wars, un'unità d'élite di commando nota come "Unified Military Special Mobile Task Force KX", o "Contra Hard Corps", viene inviata per affrontare il crimine in corso e le attività illegali in la città dopo la guerra. Un hacker sconosciuto si infiltra nel sistema di sicurezza della città e tutti i robot senza pilota provocano il caos. Man mano che la missione degli Hard Corps va più in profondità, il colpevole si rivela essere il colonnello Bahamut, un eroe delle Guerre aliene che ora è un terrorista che pianifica di rovesciare il governo con l'uso della cellula aliena.