Cinco anos após os eventos de Contra III: The Alien Wars, uma unidade de comando de elite conhecida como "Força-Tarefa Móvel Militar Unificada KX", ou "Contra Hard Corps", é enviada para enfrentar o crime em curso e atividades ilegais em a cidade após a guerra. Um hacker desconhecido se infiltra no sistema de segurança da cidade e todos os robôs não tripulados causam estragos. Conforme a missão do Hard Corps se aprofunda, o culpado é revelado ser o Coronel Bahamut, um herói das Guerras Alienígenas que agora é um terrorista planejando derrubar o Governo com o uso da Célula Alienígena.