El profesor Layton y su joven asistente Luke son invitados a St. Mystere por Lady Dahlia, viuda del difunto barón Reinhold, para resolver el misterio de la Manzana Dorada. El barón declaró en su última voluntad y testamento que quienquiera que resolviera el misterio heredaría todo lo que poseía, pero nadie en la ciudad tiene idea de qué es esta manzana dorada.