O professor Layton e seu jovem assistente Luke são convidados a ir a St. Mystere por Lady Dahlia, viúva do falecido Barão Reinhold, para resolver o mistério da Maçã Dourada. O Barão afirmou em seu último testamento que quem resolvesse o mistério herdaria tudo o que possuía, mas ninguém na cidade tem idéia do que é esta Maçã Dourada.