Il professor Layton e il suo giovane assistente Luke vengono invitati a St. Mystere da Lady Dahlia, vedova del defunto barone Reinhold, per risolvere il mistero della Mela d'Oro. Il barone ha dichiarato nel suo testamento e testamento che chiunque dovesse risolvere il mistero erediterebbe tutto ciò che possedeva, ma nessuno in città ha idea di cosa sia questa mela d'oro.