Tras su aplastante derrota a manos de Godzilla Earth, Haruo Sakaki y sus aliados se encuentran con una misteriosa tribu aborigen descendiente de los humanos que quedaron en la Tierra hace 20.000 años, y descubren una fortaleza mecanizada del tamaño de una ciudad formada a partir del anti-Godzilla perdido hace mucho tiempo. arma Mechagodzilla.