Após sua derrota esmagadora nas mãos de Godzilla Earth, Haruo Sakaki e seus aliados encontram uma misteriosa tribo aborígine descendente dos humanos deixados para trás na Terra 20.000 anos atrás, e descobrem uma fortaleza mecanizada do tamanho de uma cidade formada a partir do anti-Godzilla há muito perdido arma Mechagodzilla.