Dopo la loro schiacciante sconfitta per mano di Godzilla Earth, Haruo Sakaki ei suoi alleati incontrano una misteriosa tribù aborigena discendente dagli umani lasciati sulla Terra 20.000 anni fa e scoprono una fortezza meccanizzata delle dimensioni di una città formata dall'anti-Godzilla da tempo perduto arma Mechagodzilla.