Es el año 2314, dos años después de que Setsuna F. Seiei derrotara al Innovator Ribbons Almark. El mundo está comenzando a moverse hacia la paz y otras personas alrededor del mundo están comenzando a innovar. Sin embargo, una sonda abandonada que realizó una expedición a Júpiter hace 130 años regresa repentinamente a la Tierra, aunque parece no llevar ningún signo de vida a bordo. Poco después, la Tierra se convierte en el objetivo de peligrosos alienígenas llamados Cambiaformas de metal vivo extraterrestre (ELS), que tienen la capacidad de asimilar la tecnología de la Tierra. Celestial Being regresa para combatir la invasión alienígena con el destino de la humanidad en juego.