Nada puede detener al poderoso Mega-Tiburón; ni siquiera el colosal sauroide de Mega Shark vs. Crocosaurus (2010). Esta vez, el depredador ápice del océano causa estragos en el Puerto de Alejandría en Egipto; pero la Marina de los EE. UU. y el ingeniero Jack Turner han ideado una solución ambiciosa para este problema devastador: un submarino autónomo similar a un tiburón, impulsado por IA, llamado Mecha-Shark. Ahora, por primera vez en mucho tiempo, la humanidad tiene un campeón todopoderoso de su lado para aplastar la amenaza submarina; sin embargo, después de un primer encuentro decepcionante con el terror viviente del mar, la creación del hombre y Megalodon entablan una batalla, amenazando con arrasar Sydney. ¿Puede Jack encontrar una manera de evitar la batalla final entre Mega-Shark y Mecha-Shark?