Nada pode parar o poderoso Mega-Tubarão; nem mesmo o colossal sauroide em Mega Shark vs. Crocosaurus (2010). Desta vez, o predador ápice do oceano causa estragos no Porto de Alexandria, no Egito; mas a Marinha dos Estados Unidos e o engenheiro Jack Turner encontraram uma solução ambiciosa para este problema devastador: um submarino autônomo do tipo tubarão movido a IA, chamado Mecha-Shark. Agora, pela primeira vez em muito tempo, a humanidade tem um campeão todo-poderoso a seu lado para esmagar a ameaça subaquática; no entanto, após um primeiro encontro decepcionante com o terror vivo do mar, a criação do homem e Megalodon se envolvem na batalha, ameaçando destruir Sydney. Jack pode encontrar uma maneira de evitar a batalha final entre o Mega-Shark e o Mecha-Shark?