Niente può fermare il potente Mega-Shark; nemmeno il colossale sauroid in Mega Shark vs. Crocosaurus (2010). Questa volta, l'apice predatore dell'oceano semina il caos nel porto di Alessandria in Egitto; ma la Marina degli Stati Uniti e l'ingegnere Jack Turner hanno escogitato una soluzione ambiziosa a questo problema devastante: un sottomarino autonomo simile a uno squalo, alimentato dall'intelligenza artificiale, chiamato Mecha-Shark. Ora, per la prima volta da molto tempo, l'umanità ha dalla sua parte un campione onnipotente per schiacciare la minaccia sottomarina; tuttavia, dopo un primo deludente incontro con il terrore vivente del mare, la creazione dell'uomo e Megalodon si danno battaglia, minacciando di livellare Sydney. Riuscirà Jack a trovare un modo per evitare la battaglia finale tra Mega-Shark e Mecha-Shark?