O ano é 2314, dois anos depois de Setsuna F. Seiei derrotar o Innovator Ribbons Almark. O mundo está começando a se mover em direção à paz e outras pessoas ao redor do mundo estão começando a inovar. No entanto, uma sonda abandonada que fez uma expedição a Júpiter há 130 anos retorna repentinamente à Terra, embora pareça não carregar nenhum sinal de vida a bordo. Logo depois, a Terra se torna o alvo de alienígenas perigosos chamados Metamorfos Metais Vivos Extraterrestres (ELS), que têm a capacidade de assimilar a tecnologia da Terra. Celestial Being retorna para combater a invasão alienígena com o destino da humanidade em jogo.