Corre l'anno 2314, due anni dopo che Setsuna F. Seiei ha sconfitto gli Innovator Ribbons Almark. Il mondo sta iniziando a muoversi verso la pace e altre persone in tutto il mondo stanno iniziando a innovare. Tuttavia, una sonda abbandonata che è andata in una spedizione su Giove 130 anni fa torna improvvisamente sulla Terra, anche se sembra non portare alcun segno di vita a bordo. Poco dopo, la Terra diventa il bersaglio di pericolosi alieni chiamati Extraterrestrial Living-metal Shapeshifters (ELS), che hanno la capacità di assimilare la tecnologia della Terra. Celestial Being ritorna per combattere l'invasione aliena con il destino dell'umanità in bilico.