El año es 4444. La Tierra se ha convertido en un planeta prisión hogar de criminales, terroristas y muchos otros rebeldes políticos. Bill Rizer ha sido asignado a un nuevo socio, un samurái alienígena llamado Genbei Yagyu o Jaguar. Su misión es hacer frente a la amenaza de Neo Contra y derrotar a los Elite Four de la organización Neo Contra, Guerrilla Contra, un piloto de tanque robot y comandante militar fumador de pipa, Plant Contra, un híbrido de planta cyborg, Pheromone Contra, la única mujer miembro de Neo Contra que tiene conexiones con Bill Rizer del pasado, y Animal Contra, un bull terrier parlante que sirve como capitán de un portaaviones, antes de lidiar con el sombrío líder de Neo Contra, Master Contra, quien también tiene vínculos con Bill Rizer.