L'anno è il 4444. La Terra è diventata un pianeta prigione che ospita criminali, terroristi e molti altri ribelli politici. Bill Rizer è stato assegnato a un nuovo partner, un samurai alieno di nome Genbei Yagyu, o Jaguar. La loro missione è affrontare la minaccia Neo Contra e sconfiggere i Quattro Elite dell'organizzazione Neo Contra, Guerrilla Contra, un pilota di carri armati robot e comandante militare fumatore di pipa, Plant Contra, un ibrido cyborg vegetale, Pheromone Contra, l'unica femmina membro di Neo Contra che ha legami con Bill Rizer del passato, e Animal Contra, un bull terrier parlante che funge da capitano di una portaerei, prima di affrontare l'oscuro leader di Neo Contra, Master Contra, che ha anche legami con Bill Rizer.