O ano é 4444. A Terra tornou-se um planeta-prisão, lar de criminosos, terroristas e muitos outros rebeldes políticos. Bill Rizer foi atribuído a um novo parceiro, um samurai alienígena chamado Genbei Yagyu, ou Jaguar. Sua missão é lidar com a ameaça Neo Contra e derrotar a Elite Four da organização Neo Contra, Guerrilla Contra, um piloto de tanque robô e comandante militar fumante de cachimbo, Plant Contra, um híbrido de planta ciborgue, Pheromone Contra, a única mulher membro do Neo Contra que tem conexões com Bill Rizer do passado, e Animal Contra, um bull terrier falante que serve como capitão de um porta-aviões, antes de lidar com o sombrio líder do Neo Contra, Master Contra, que também tem ligações com Bill Rizer.