Ambientado antes, durante y después de los eventos de Rainbow Six: Vegas, esta vez el jugador toma el control de Bishop mientras lidera a su equipo Rainbow en un intento por evitar que los terroristas ataquen Las Vegas y más allá. Se revela que el traidor Gabe Nowack de Rainbow Six: Vegas era uno de los ex alumnos de Bishop y ha traicionado a Rainbow y sus amigos por venganza y celos. En última instancia, Bishop debe evitar que Nowack comprometa a Rainbow y ponga más vidas en riesgo.