Ambientato prima, durante e dopo gli eventi di Rainbow Six: Vegas, questa volta il giocatore prende il controllo di Bishop mentre guida la sua squadra Rainbow nel tentativo di impedire ai terroristi di attaccare Las Vegas e oltre. Viene rivelato che il traditore Gabe Nowack di Rainbow Six: Vegas era uno degli ex studenti di Bishop e ha tradito Rainbow ei suoi amici per vendetta e gelosia. Alla fine, Bishop deve impedire a Nowack di compromettere Rainbow e mettere a rischio altre vite.