Clank tiene una misión. Su mejor amigo, Ratchet, ha sido incriminado por un enemigo despiadado y encarcelado por un crimen que no cometió. No solo eso, sino que la prisión de máxima seguridad de Ratchet está llena de los criminales más peligrosos del universo, la mayoría de los cuales hacen fila para "dar la bienvenida" personalmente a Ratchet en su nueva celda. Afortunadamente para Ratchet, tiene a Clank en el exterior, y afortunadamente para Clank, es el tipo de pequeño robot inteligente que es genial bajo presión y sabe una o dos cosas sobre la búsqueda de un enemigo misterioso. Es por eso que, como agente secreto Clank, sigue la pista de pistas para desentrañar el misterio y asegurar la liberación de Ratchet de la cárcel.