Clank está em uma missão. Seu melhor amigo, Ratchet, foi incriminado por um inimigo implacável e preso por um crime que não cometeu. Não só isso, mas a prisão de segurança máxima de Ratchet está cheia dos criminosos mais perigosos do universo, muitos dos quais estão fazendo fila para "receber" pessoalmente Ratchet em sua nova cela. Felizmente para Ratchet ele tem Clank do lado de fora, e felizmente para Clank ele é o tipo de pequeno robô inteligente que fica frio sob pressão e sabe uma coisa ou duas sobre rastrear um inimigo misterioso. É por isso que, como Agente Secreto Clank, ele está atrás de pistas para desvendar o mistério e garantir a libertação de Ratchet da prisão.