Clank è in missione. Il suo migliore amico, Ratchet, è stato incastrato da un nemico spietato e incarcerato per un crimine che non ha commesso. Non solo, ma la prigione di massima sicurezza di Ratchet è piena dei criminali più pericolosi dell'universo, la maggior parte dei quali si stanno allineando per "accogliere" personalmente Ratchet nella sua nuova cella. Fortunatamente per Ratchet ha Clank all'esterno, e fortunatamente per Clank è il tipo di piccolo robot intelligente che è freddo sotto pressione e sa un paio di cose su come rintracciare un misterioso nemico. Ecco perché, nei panni dell'agente segreto Clank, è sulle tracce di indizi per svelare il mistero e ottenere il rilascio di Ratchet dalla prigione.