Una noche, el medio genio Shantae se despierta con el sonido de una voz. Siguiéndolo afuera, descubre una cueva secreta, donde un mensajero del Reino Genio le advierte de un mal inminente que solo ella puede vencer, pero desaparece antes de que pueda dar más detalles. Shantae se despierta de repente, revelando que la experiencia ha sido un sueño. Ella va a visitar a su tío Mimic, quien está trabajando en un nuevo invento, el Dynamo, que mantendrá a Scuttle Town constantemente alimentado y a salvo de ataques. Sin embargo, la pirata Risky Boots comienza un asedio en Scuttle Town, con uno de sus secuaces Tinkerbat robando los planos de Mimic. Shantae la persigue y derrota a Risky, recuperando los planos, pero el alcalde Scuttlebutt una vez más la despide de su posición como genio guardián de la ciudad debido a la fuga de Risky y los daños sufridos. Mimic revela que todavía se necesitan varios componentes para completar el Dynamo, por lo que Shantae comienza a buscar en Sequin Land los componentes restantes, ayudando a los que ella ...