Una notte tardi, il mezzo genio Shantae viene svegliato dal suono di una voce. Seguendolo fuori, scopre una grotta segreta, dove un messaggero dal Regno dei Genie la avverte di un male imminente che solo lei può sconfiggere, ma che scompare prima che possa elaborare ulteriormente. Shantae si sveglia improvvisamente, rivelando che l'esperienza era stata un sogno. Va a trovare suo zio Mimic, che sta lavorando a una nuova invenzione, la Dynamo, che manterrà Scuttle Town costantemente alimentata e al sicuro dagli attacchi. Tuttavia, il pirata Risky Boots inizia un assedio a Scuttle Town, con uno dei suoi servi Tinkerbat che ruba i progetti di Mimic. Shantae insegue e sconfigge Risky, recuperando i progetti, ma il sindaco Scuttlebutt la licenzia ancora una volta dalla sua posizione di genio guardiano della città a causa della fuga di Risky e dei danni subiti. Mimic rivela che sono ancora necessari diversi componenti per completare la dinamo, quindi Shantae inizia a cercare in Sequin Land per i componenti rimanenti, aiutando quelli che ...