Tarde da noite, o meio-gênio Shantae é acordado pelo som de uma voz. Seguindo para fora, ela descobre uma caverna secreta, onde um mensageiro do Reino dos Gênios a avisa sobre um mal iminente que só ela pode derrotar, mas desaparece antes que possa elaborar mais. Shantae acorda de repente, revelando que a experiência foi um sonho. Ela vai visitar seu tio Mimic, que está trabalhando em uma nova invenção, o Dínamo, que manterá Scuttle Town constantemente alimentado e a salvo de ataques. No entanto, o pirata Risky Boots começa um cerco em Scuttle Town, com um de seus asseclas Tinkerbat roubando as plantas de Mimic. Shantae a persegue e derrota Risky, recuperando as plantas, mas o prefeito Scuttlebutt mais uma vez a despede de sua posição como gênio guardião da cidade devido à fuga de Risky e aos danos incorridos. Mimic revela que vários componentes ainda são necessários para completar o Dínamo, então Shantae começa a procurar em Sequin Land pelos componentes restantes, ajudando aqueles que ela ...