Tomando inmediatamente después de los eventos de StarCraft; la Supermente Zerg está muerta, y los enjambres zerg sobre el devastado mundo Protoss de Aiur se han vuelto locos sin su líder. Solo quedan grupos de sobrevivientes protoss y terranos en Aiur, compuestos principalmente por el Capitán James Raynor, el Templario Oscuro Zeratul, el Judicator Aldaris y el recién elegido Praetor Artanis. Sin su líder Tassadar, ahora caído, los supervivientes Protoss y Terran escapan de los Zerg al mundo de los Templarios Oscuros de Shakuras; donde planean reconstruir su ejército y comenzar su ataque contra la raza Zerg. Mientras tanto, la UED (Dirección de la Tierra Unida) ha llegado al Sector Koprulu con planes para neutralizar el Imperio Terrano, ahora gobernado por el ex renegado Arcturus Mengsk y el ex general confederado Edmund Duke; pero les espera más de lo que esperaban. En cuanto a los zerg, Kerrigan, la autodenominada Reina de Espadas ha asimilado a los enjambres zerg junto con el cerebrado Daggoth mientras planean su venganza contra los protoss y ...