Seguindo logo após os eventos de StarCraft; o Zerg Overmind está morto, e os enxames Zerg sobre o mundo Protoss dilacerado pela guerra de Aiur fugiram sem seu líder. Apenas grupos de sobreviventes Protoss e Terran permanecem em Aiur, consistindo principalmente do Capitão James Raynor, Dark Templar Zeratul, Judicator Aldaris e o recém-eleito Praetor Artanis. Sem seu agora caído líder Tassadar, os sobreviventes Protoss e Terran escapam dos Zergs para o mundo Dark Templar de Shakuras; onde eles planejam reconstruir seu exército e começar seu ataque à raça Zerg. Enquanto isso, o UED (United Earth Directorate) chegou ao Setor Koprulu com planos para neutralizar o Império Terráqueo, agora governado pelo ex-renegado Arcturus Mengsk e pelo ex-General Confederado Edmund Duke; mas eles querem mais do que esperavam. Quanto aos Zergs, Kerrigan, a autodenominada Rainha das Lâminas assimilou os enxames Zerg junto com o cerebrado Daggoth enquanto planejam sua vingança contra os Protoss e ...