StarCraft olaylarından hemen sonra alarak; Zerg Overmind öldü ve Zergler, Aiur'un savaşın parçaladığı Protoss dünyasında liderleri olmadan çılgına döndü. Aiur'da, çoğunlukla Kaptan James Raynor, Dark Templar Zeratul, Judicator Aldaris ve yeni seçilmiş Praetor Artanis'ten oluşan yalnızca Protoss ve Terran kurtulan grupları kaldı. Artık düşmüş liderleri Tassadar olmadan, Protoss ve Terran kurtulanları Zerg'den Shakuras'ın Dark Templar dünyasına kaçarlar; Ordularını yeniden inşa etmeyi ve Zerg ırkına saldırmaya başlamayı planladıkları yer. Bu arada, UED (Birleşik Dünya Müdürlüğü), şimdi eski dönek Arcturus Mengsk ve eski Konfederasyon Generali Edmund Duke tarafından yönetilen Terran İmparatorluğu'nu etkisiz hale getirme planlarıyla Köprülü Sektöre geldi; ama beklediklerinden daha fazlasını bekliyorlar. Zerg'e gelince, kendini Blades Kraliçesi olarak gören Kerrigan, Protoss ve Terran'a karşı intikamlarını planlarken Zerg sürülerini serebral Daggoth ile birlikte özümsemiştir.