Prenant juste après les événements de StarCraft ; le Zerg Overmind est mort, et les essaims de Zergs sur le monde protoss déchiré par la guerre d'Aiur se sont déchaînés sans leur chef. Seuls des groupes de survivants Protoss et Terriens restent sur Aiur, principalement composés du capitaine James Raynor, du templier noir Zeratul, du judicateur Aldaris et du préteur Artanis nouvellement élu. Sans leur chef désormais déchu Tassadar, les survivants Protoss et Terriens échappent aux Zergs vers le monde des Templiers Noirs de Shakuras ; où ils prévoient de reconstruire leur armée et de commencer leur attaque contre la race Zerg. Pendant ce temps, l'UED (United Earth Directorate) est venu dans le secteur de Koprulu avec des plans pour neutraliser l'empire terrien, désormais dirigé par l'ancien renégat Arcturus Mengsk et l'ancien général confédéré Edmund Duke ; mais ils sont là pour plus qu'ils ne s'y attendaient. Quant aux Zergs, Kerrigan, la soi-disant reine des lames a assimilé les essaims de Zergs avec le cérébré Daggoth alors qu'ils planifient leur vengeance contre les Protoss et les Terriens.